申請憑證IC卡之工本費用(含掛號郵資)，無論「正卡」或「附卡」皆為新台幣420元，非IC卡類憑證新台幣320元，若憑證遺失、損壞、自行辦理憑證廢止、憑證到期失去效用、組織更名導致憑證失效或憑證內容變動，請重新申請並需再次繳納費用。
憑證旦核發後將不接受退費，申請資料請務必填寫正確，憑證核發前仍可進行資料更改或申請退費，有關退費問題可撥打客服電話02-2192-7111詢問。
1.組織及團體憑證申請過程中，會引導您至憑證付費系統，請於憑證付費系統中，以該申請案之「案件流水號」及「用戶代碼」進入後，選擇您要付費的方式，並填寫發票資料及依指示完成繳款動作。 2.目前本管理中心提供的付費方式：信用卡付費、ATM或臨櫃繳款。 3.請勿重複繳款。
選擇以ATM或臨櫃繳款付費時，於繳款資訊中會列出繳款期限，超過期限後請勿進行繳費，逾期後繳款帳號將自動失效，請再次至憑證付費系統重新取得繳款資訊，在尚未繳款成功前，您也可以選擇再次更換為其他種付費方式。
您於繳費完成後，本憑證管理中心將委託「中華電信股份有限公司資訊技術分公司」進行電子發票開立(約需3-5個工作天，非繳費當天開立)，若電子發票資訊有填寫統一編號則會平信郵寄紙本至發票指定寄送地址。若您於繳費後1個月仍未收到電子發票證明聯，可撥打客服電話02-2192-7111詢問。
若您確認有修改之需求，請來電客服專線02-2192-7111，經諮詢服務人員確認相關資料後，請備妥欲修改之電子發票證明聯正本，並檢附正確之組織團體基本資料及聯絡人相關資訊後，掛號寄回組織及團體憑證管理中心(郵寄地址：100台北市中正區信義路一段21號數據通信大樓4樓；收件者：組織及團體憑證管理中心收)進行修改。